Toyota llevó a cabo una auténtica lección magistral de estrategia hacia el final de las 6 Horas de Fuji para hacerse con una ajustada victoria en el Campeonato Mundial de Resistencia frente a Alpine, el favorito antes de la carrera. Ryo Hirakawa, Brendon Hartley y Sébastien Buemi se alzaron con la victoria a bordo del Toyota TR010 Hybrid n.º 8 después de que el fabricante japonés realizara una parada en boxes más breve durante la última salida del coche de seguridad virtual, lo que permitió a Hirakawa ganar posiciones en pista. Durante la mayor parte de la carrera, Alpine parecía encaminado a repetir su victoria del año pasado, ya que los dos A424 LMDH mantenían una cómoda primera y segunda posición tras copar la primera fila de la parrilla luego de que por lluvia se cancelara la clasifiación en el circuito de Fuji,
Pero la salida del coche de seguridad en la última hora echó por tierra sus planes, y Toyota y BMW se la jugaron en las paradas en boxes de para hacerse con la primera y la segunda posición. Víctor Martins, al volante del Alpine n.º 36 que partía desde la pole, protagonizó una impresionante remontada cuando se reanudó la carrera a solo 20 minutos del final, pasando del cuarto al segundo puesto, justo detrás del Toyota de Hirakawa, líder de la carrera.
Pero Hirakawa, de , contuvo a Martins en las últimas vueltas de la carrera y cruzó la línea de meta con una ventaja de 0,591 s, lo que le valió a Toyota su tercera victoria de la temporada. Cuando la carrera dio comienzo a las 11:00 hora local, Jules Gounon lideró el pelotón desde la pole position en el Alpine n.º 36 que comparte con Victor Martins, mientras que su compañero de equipo, Ferdinand Habsburg, contuvo al Genesis n.º 19 de Dani Juncadella, que había salido con fuerza, para mantener el doblete del fabricante francés. Sin embargo, aunque la salida fue limpia en la categoría Hypercar, el piloto de AF Corse, François Heriau, provocó un grave choque múltiple en la clase LMGT3, lo que obligó a la salida del coche de seguridad. No hubo cambios importantes en la categoría reina cuando se reanudó la carrera, pero Nyck de Vries tuvo que llevar el Toyota TR010 n.º 7 a boxes poco después para realizar una parada no programada tras sufrir un pinchazo. Esta estrategia alternativa aupó a de Vries al segundo puesto una vez que los demás completaron sus paradas en boxes programadas, con Habsburg ahora en cabeza con el Alpine n.º 35, mientras que el coche gemelo cayó al tercer puesto tras perder tiempo durante el cambio de piloto. Con menos combustible que sus rivales, de Vries intentó adelantar a Habsburg por el liderato en la última curva, pero el austriaco le hizo dar una vuelta de campana. Esto dejó a los dos Alpine de nuevo en primera y segunda posición, con el Aston Martin Valkyrie n.º 007 emergiendo como su rival más cercano después de que Harry Tincknell adelantara al Genesis de Juncadella en boxes.
En la segunda hora se sacó de nuevo el coche de seguridad después de que un coche de GT3 se detuviera en pista, y los dos Alpine volvieron a intercambiar posiciones en boxes. Martins recuperó el liderato con el Alpine n.º 36, mientras que Habsburg cayó brevemente a la tercera posición antes de volver a adelantar a Tincknell y situarse segundo. Martins se distanció inicialmente del grupo perseguidor en la reanudación, pero empezó a tener dificultades con sus neumáticos blandos usados en la tercera hora, lo que permitió a Habsburg recuperar el liderato justo antes de llegar al ecuador de la carrera. En la cuarta hora, ambos Alpine fueron adelantados por el Aston Martin n.º 007, gracias a una estrategia de “undercut” que aupó al compañero de equipo de Tincknell, Tom Gamble, al frente de la carrera. Sin embargo, el dominio de Aston en cabeza resultó efímero, ya que Gamble recibió una penalización de paso por boxes por una infracción en el pit lane. Estaba persiguiendo a Martins por el segundo puesto en la cuarta hora cuando cruzó la línea blanca a la entrada del pit lane.
Con el n.º 007 retrocediendo en la clasificación, Alpine recuperó el liderato de la carrera, aunque sus dos coches volvieron a intercambiar posiciones, y el n.º 36 se adelantó al n.º 35 en la siguiente tanda de paradas en boxes, bajo el VSC. La carrera se neutralizó al comienzo de la última hora cuando uno de los McLaren LMGT3 de Garage 59 se estrelló violentamente contra las barreras tras un contacto con un Aston Martin de la misma categoría. Tanto Toyota como BMW se la jugaron, optando por cambiar solo un neumático en el TR010 n.º 8 y en el M Hybrid V8 n.º 15, respectivamente, miéntras toda la parrilla se lanzaba a boxes. Esto aupó al Toyota n.º 8 del séptimo puesto al liderato, mientras que el coche mejor clasificado de Alpine pasó a ser el A424 n.º 35, en tercera posición, y el n.º 36, que hasta entonces lideraba la carrera, cayó a la quinta posición, por detrás del Aston Martin n.º 009, tras una parada en boxes lenta.
Aun así, el Alpine n.º 36 parecía ser el coche más rápido de la parrilla en manos de Martins, quien se deshizo con facilidad del Aston n.º 009 y del coche gemelo pilotado por Charles Milesi. Tras adelantar al BMW n.º 15 de Dries Vanthoor cuando quedaban 10 minutos en el reloj, se lanzó a la caza de Hirakawa, rodando a menos de un segundo de él en las últimas vueltas.
Top 10 – 6 horas de Fuji:
| Pos. | Equipo | Nº | Pilotos | Puntos |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Toyota Racing | 8 | S. Buemi, B. Hartley, R. Hirakawa | 0 |
| 2 | Alpine Endurance Team | 36 | J. Gounon, V. Martins | 0 |
| 3 | BMW M Team WRT | 15 | K. Magnussen, R. Marciello, D. Vanthoor | 0 |
| 4 | Alpine Endurance Team | 35 | C. Milesi, F. Habsburg | 0 |
| 5 | Cadillac Hertz Team JOTA | 38 | E. Bamber, S. Bourdais, J. Aitken | 0 |
| 6 | Peugeot TotalEnergies | 94 | L. Duval, M. Jakobsen, T. Pourchaire | 0 |
| 7 | Cadillac Hertz Team JOTA | 12 | W. Stevens, N. Nato | 0 |
| 8 | Toyota Racing | 7 | M. Conway, K. Kobayashi, N. de Vries | 0 |
| 9 | Ferrari AF Corse | 51 | A. Pier Guidi, J. Calado, A. Giovinazzi | 0 |
| 10 | Aston Martin THOR Team | 009 | A. Riberas, M. Sorensen | 0 |
La actividad de la categoría endurance continuará el fin de semana del 18 de octubre en el marco de las 6 horas de Barcelona, anteúltima fecha del año. Más adelante, se cerrará el campeonato el 8 de noviembre con las 6 horas de Monza.