La duodécima etapa entre Chilecito y San Juan, tuvo la particularidad de que sólo la transitaron los autos y los camiones, ya que las motos y los quads, no fueron de la partida en carrera y si realizaron el tramo en forma de enlace. La decisión se tomó en la reunión de pilotos del miércoles, cuando los pilotos se negaron a largar después del último auto y el último camión, por considerarlo peligroso. La organización evaluó el pedido y ante la imposibilidad de cambiar el esquema de partida, se optó por cancelar el tramo y realizarlo en forma de enlace.
Entre los autos el parcial fue una lucha particular entre Nasser Al Attiyah (Toyota) y Stephan Peterhansel (Peugeot), metro a metro y terminó con la victoria del piloto de Qatar con un neto de 5h49m57s, superando a Peterhansel por 2m03s, quedando tercero, Giniel De Villiers a 4m33s, Orly Terranova (MIni) a 5m50s, Bernhard Ten Brinke (Toyota) a 7s33s y Mikko Hirvonen (MIni) a 12m15s, en tanto el líder de la general, Carlos Sainz (Peugeot), cedió 18m15s, en función de dos gomas rotas y un problema en la caja de velocidades, que lo obligó a terminar el especial en tercera velocidad y que esperaba solucionar en el vivac del autódromo El Zonda de San Juan. Con estos registros, si bien el Dakar siempre guarda sorpresas, todo parece encaminado hacia la victoria de Carlos Sainz, seguido por Stephan Peterhansel y Nasser Al Attiyah.
Sainz lidera la general con un neto de 42h24m31s, superando a Peterhansel por 44m41s y a Nasser Al Attiyah por 1h05m55s y Bernhard Ten Brinke a 1h17m21s.
Clasificación General de Autos tras 12 etapas
| 303 | TEAM PEUGEOT TOTAL | 42H 24′ 31” | ||
| 2 | 300 | TEAM PEUGEOT TOTAL | 43H 09′ 12” | |
| 3 | 301 | TOYOTA GAZOO RACING SA | 43H 30′ 26” | |
| 4 | 309 | TOYOTA GAZOO RACING SA | 43H 41′ 52” | |
| 5 | 304 | TOYOTA GAZOO RACING SA | 43H 51′ 02” | |
| 6 | 312 | ORLEN TEAM / X-RAID | 45H 15′ 33” | |
| 7 | 319 | PH-SPORT | 45H 45′ 16” | |
| 8 | 311 | MP-SPORTS | 48H 28′ 57” | |
| 9 | 334 | OVERDRIVE TOYOTA | 49H 35′ 30” | |
| 10 | 331 | SOUTH RACING | 51H 25′ 36” | |
| 11 | 318 | OVERDRIVE TOYOTA | 51H 54′ 14” | |
| 12 | 326 | OVERDRIVE TOYOTA | 54H 30′ 45” | |
| 13 | 321 | CRAFT BEARINGS | 54H 38′ 58” | |
| 14 | 320 | SODICARS RACING | 55H 05′ 09” | |
| 15 | 317 | X-RAID TEAM | 55H 08′ 49” | |
| 16 | 305 | X-RAID TEAM | 58H 40′ 24” | |
| 17 | 307 | X-RAID TEAM | 60H 44′ 27” | |
| 18 | 308 | TEAM PEUGEOT TOTAL | 87H 25′ 24” | |
| 19 | 365 | BORGWARD RALLY TEAM | 115H 13′ 02” |