La sexta etapa en motos, mostró importantes variantes en la clasificación general, donde el chileno Pablo Quintanilla (Husqvarna), aprovechó el hecho de partir 14° en el camino y con ello se aseguró buscar un buen ritmo, que le redituó, no sólo ganar el parcial, el más extenso de la competencia, sino que ahora, pasó a liderar la general, ante el tiempo cedido por Ricky Brabec (Honda), que cedió 7m30s en la etapa.
El parcial estuvo marcado por el accidente sufrido por el español Lorenzo Santolino, en el kilómetro 33, donde tuvo una fuerte caída que le produjo traumatismo craneoencefálico y golpes varios en la cadera y espalda, que motivaron su evacuación a Lima en helicóptero. Lo asistieron después de su caída, Luciano Benavides y Adrien Van Bereven, hasta que fue rescatado.
En la general absoluta, el chileno Pablo Quintanilla (Husqvarna), es nuevo líder con 20h45m13s y supera ahora a Ricky Brabec (Honda), por 4m38s, Toby Price (KTM) está tercero a 5m17s y asciende al cuarto puesto, Kevin Benavides (Honda) a 8m01s.
Clasificación Etapa 6 – Arequipa/San Juan de Marcona
| P | N° | PILOTO | MARCA | TIEMPO | DIF. |
| 1 | 6 | PABLO QUINTANILLA | HUSQVARNA | 03H50’47” | |
| 2 | 47 | KEVIN BENAVIDES | HONDA | 03H52’39” | +00H01’52” |
| 3 | 1 | MATTHIAS WALKNER | KTM | 03H55’08” | +00H04’21” |
| 4 | 3 | TOBY PRICE | KTM | 03H 55’35” | +00H04’48” |
| 5 | 4 | ADRIEN VAN BEVEREN | YAMAHA | 03H56’35” | +00H05’48” |
| 6 | 15 | RICKY BRABEC | HONDA | 03H58’17” | +00H07’30” |
| 7 | 11 | STEFAN SVITKO | KTM | 03H59’07” | +00H08’20” |
| 8 | 29 | ANDREW SHORT | HUSQVARNA | 04H04’41” | +00H13’54” |
| 9 | 77 | LUCIANO BENAVIDES | KTM | 04H06’00” | +00H15’13” |
| 10 | 10 | J. IGNACIO CORNEJO FLORIMO | HONDA | 04H12’34” | +00H21’47” |
Clasificación General Etapa 6 – Arequipa/San Juan de Marcona
| P | Nº | PILOTO-EQUIPO | MARCA | TIEMPO | DIF | PEN. |
| 1 | 6 | PABLO QUINTANILLA | HUSQVARNA | 20H45’13” | ||
| 2 | 15 | RICKY BRABEC | HONDA | 20H49’51” | + 00H 04′ 38” | |
| 3 | 3 | TOBY PRICE | KTM | 20H50’30” | + 00H 05′ 17” | |
| 4 | 47 | KEVIN BENAVIDES | HONDA | 20H53’14” | + 00H 08′ 01” | |
| 5 | 4 | ADRIEN VAN BEVEREN | YAMAHA | 20H54’45” | + 00H 09′ 32” | |
| 6 | 1 | MATTHIAS WALKNER | KTM | 20H55’59” | + 00H 10′ 46” | 00H 03′ 00” |
| 7 | 14 | SAM SUNDERLAND | KTM | 21H06’19” | + 00H 21′ 06” | 00H 02′ 00” |
| 8 | 11 | STEFAN SVITKO | KTM | 21H17’09” | + 00H 31′ 56” | |
| 9 | 18 | XAVIER DE SOULTRAIT | YAMAHA | 21H23’17” | + 00H 38′ 04” | |
| 10 | 29 | ANDREW SHORT | HUSQVARNA | 21H24’09” | + 00H 38′ 56” |
